การใช้ยาในการยุติการตั้งครรภ์มักจะทำให้เกิดผลข้างเคียง เช่น อาการปวด และตะคริว รวมถึงการมีเลือดออก เลือดเป็นลิ่ม หรือมีเนื้อเยื่อ คลื่นไส้ อาเจียน ท้องเสีย ปวดหัว มึนงง ร้อนวูบวาบ หรือเป็นไข้

อาการไข้จะเกิดขึ้นหลังจากใช้ไมโซพรอสทอลได้ไม่นาน และ อาจจะมีอาการ 24 ชั่วโมงหลังจากนั้น ไข้ที่ต่ำกว่า 100.4 F/ หรือ 38 C ถือว่าเป็นอาการข้างเคียงที่ปกติ แต่ถ้าหากมีไข้นานกว่า 24 ชั่วโมง หรือมากกว่า100.4 F/38 C คุณควรไปพบแพทย์ อาการแพ้ยาอาจทำให้เกิดลมพิษ (บวมคันที่ผิวหนัง) ถ้าอาการข้างเคียงเกิดขึ้นอย่างรุนแรง คุณอาจจะมีอาการแทรกซ้อน